生物有機肥按所含微生物種類和功能不同大致分為：(1)單一功能生物有機肥。主要包括：根瘤菌肥、固氮菌肥、溶磷菌肥、解鉀菌肥、硅酸鹽細(xì)菌肥等，將其應(yīng)用在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中可獲得特定的肥料效應(yīng)，提高土壤供肥能力。例如，固氮菌肥能夠?qū)⒖諝庵谐史肿討B(tài)的氮轉(zhuǎn)化成可供作物吸收利用的銨態(tài)氮；溶磷、解鉀菌肥能將土壤中含磷、鉀的難溶性化合物轉(zhuǎn)化成有效磷、速效鉀直接被作物吸收利用。(2)具有抗病作用的生物有機肥。此類生物有機肥是在功能性微生物菌劑，如解鉀菌、溶磷菌和固氮菌的基礎(chǔ)上再次加入生防菌發(fā)酵或與其結(jié)合使用研制而成。所含生防菌劑通過占據(jù)植株根部空間位置或拮抗作用抑制植物根際病原菌繁殖，因此具有提高植株抗性，減輕病害發(fā)生的特點。(3)多功能生物有機肥，即添加兩種或兩種以上的功能性微生物所制得的生物有機肥料。與單一功能生物有機肥相比，具有功能更全面的特點。

生物有機肥綜合了有機肥和微生物肥料的優(yōu)點，它既有有機肥肥效長久、營養(yǎng)全面、有機質(zhì)豐富的特點，又含有功能性有益微生物，在改善土壤理化性質(zhì)，調(diào)控土壤微生物群落結(jié)構(gòu),提高土壤更新或恢復(fù)能力,減少土傳病害等方面發(fā)揮了重要作用。