(1)促進(jìn)植物生長，增強(qiáng)植物抗病和抗旱的能力  微生物能通過自身的生命活動，制造營養(yǎng)物質(zhì)和參與植物營養(yǎng)代謝，產(chǎn)生生長激素及拮抗病原微生物生長繁殖的物質(zhì)。

(2)協(xié)助植物吸收營養(yǎng) 菌肥接種于植物種子或根系上，在種子周圍及根際土壤中形成—個有益的微生物系統(tǒng)，促進(jìn)種子的萌發(fā)和生長，促進(jìn)根系生長、增強(qiáng)根系對養(yǎng)分的吸收。

(3)增加土壤肥力  各種固氮菌通過與植物的共生關(guān)系．固定空氣中的游離態(tài)氮，增加土壤的含氮量。許多微生物能產(chǎn)生多糖物質(zhì)，可與土壤礦物膠體結(jié)合在一起，改善土壤的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，增強(qiáng)土壤保水保肥能力。許多微生物具有分解難溶性養(yǎng)分的能力，使養(yǎng)分有效化。微生物肥料本身不含植物生長的營養(yǎng)成分、通過其生命活動增加土壤的肥力是微生物肥料zui主要的功能。